Problema con la SRE

Hola. Mi esposa parece tener una denuncia por parte de la SRE, según dicen que, por presentar un acta falsificada. Ahora, si situación en cuanto a papeles es algo compleja, ya que de bebé (vivía en un pueblo) la "registraron", le entregaron su acta, pero nunca la asentaron en los libros (Hidalgo). Como nunca necesitó su acta de nacimiento hasta nuestro casamiento, no tenía conocimiento del problema. Logramos un registro extemporáneo aquí en Zapopan y ya está correctamente registrada (tuvimos que conseguir certificados de inexistencias en Pachuca, declaraciones ante el DIF, etc). Ahora, ¿qué se podría hacer para solucionar el asunto?