Tengo Problema con dos actas de nacimiento de diferentes apellidos

¡ Hola ! Muy buenas noches, mi nombre es Juan Antonio y me gustaría consultarles el siguiente asunto; cualquier era recién nacido, mi madre y mi padre biológico me registraron pero posteriormente mi papá nos dejó y jamás volvimos a saber de él, nunca lo he conocido desde entonces.
Posteriormente mi madre se volvió a casar con una persona que para mí es mi papá pues desde los dos años me crío así como asumió los derechos correspondientes de un padre pues soy una persona con discapacidad y siempre he requerido apoyo, intentó adoptarme,pero como el trámite era complicado, él y mi mamá optaron por registrarme a los diez años aproximadamente, desde esa fecha deje de utilizar mi primera acta, mi INE así como otros documentos están con el apellido de la segunda acta, ahora que estoy con algunos trámites de bienestar y de mi pasaporte ,me han dicho que como mi acta es extemporánea y aun está vigente la primera debo de arreglar ese asunto, ¿ Que debo hacer ? , ¿ cuáles son mis opciones ? Muchas gracias por la atención prestada un cordial saludo.