Registre a mi hijo 2 veces

Mi hijo tiene 15 años a el lo registre primero con los apellidos de mi tío ya que necesitaba seguro medico y su papá me había abandonado después cuando mi hijo tenia 4 años su papá regreso que quería estar presente en la vida de su hijo y entonces accedí a que le diera su apellido me dijo k se abriría un juicio y el registro anterior quedaría anulado total que tiempo después fuimos ala oficialia y registramos a mi hijo con los apellidos de su papá paso el tiempo el veía a mi hijo y todo bien pero cuando mi hijo tenía 8 años el se caso y se fue separando de mi hijo y hasta ahora no sabemos de él pues se fue la ciudad entonces fui a sacar un acta de nacimiento de mi hijo para sus papeles de la secundaria pues ya se va a graduar y resulta que mi hijo esta registrado 2 veces osea que la primer acta nunca se anulo como puedo arreglar esto no quiero que mi hijo se vea perjudicado con los años ya que desde el comienzo de su vida escolar he utilizado la segunda acta porque se supone que la primera estaba anulada he tratado de localizar asu para para ver fue lo el hizo pero sus familiares no me quieren dar razón