Amenazan con empezar averiguación en mi contra

Buen día,

Hace 2 semanas estaba trabajando en una empresa, aquí se hacen proyectos y en uno de ellos el cliente pago los materiales y se le facturo en la empresa, posteriormente pago la mano de obra, pero dijo que no quería pagar IVA por lo cual se hizo todo "por fuera" y de ahí nos quedamos con un dinero que no reportamos a la empresa. Ahora me entero que la empresa quiere iniciar una demanda en mi contra y en contra de un par de compañeros por esta situación. ¿Cómo podría proceder la empresa? Y ¿Cómo podría verme afectado? La única prueba que creo que tienen son mensajes y la posible declaración de un ex compañero.