¿Puede quitarle la custodia de sus hijas a mi pareja?

Mi pareja está casada por la iglesia y el civil, del matrimonio resultaron dos hijas una de 5 y otra de 3 el matrimonio se fracturó por engaño de el hace 3 años y yo comencé a salir con ella hace 2 años. De nuestra relación ella quedó embarazada. En septiembre de separaron furante 5 meses y ella regreso con el porque todo el tiempo le limito la recursos económicos para sus hijas orillandola a regresar con él por miedo y presion de su marido y familia. Su marido cree que el el bebé es de el pero ella y yo sabemos que es nuestro. Ella ahorita intenta separarse nuevamente pero no lo hace porque piensa que le pueden quitar la custodia por que la bebé es nuestra y no de el. Cabe mencionar que aparte del engaño su marido es un alcohólico y a dañado psicológicamente y en una ocasion fisicamente a ella, pero no hay registro alguno de este maltrato. Así mismo el amenaza a ella que le quitará a las niñas si ella tiene alguna relacion con alguien más. Y no sabemos si el que el bebé no sea de el perjudique y pueda perder la custodia de sus hijas. Nos podrían orientar un poco dado vamos en el estado de mexico. Gracias.