¿Qué puedo hacer si se me fue negado el derecho del apellido a mi hijo?

El caso empezó así, la mamá de mi hijo se fue a Autlán de Navarro con su mamá. Yo soy de Guadalajara y estuve estudiando en ese lapso pero siempre al tanto de ella y del bebé. Días antes de nacer mi hijo me comentó que le quería poner sus apellidos porque ella creía que era lo mejor.. yo en ese momento me negué a que pasara eso.. Mi bebé nació el 28 de mayo y yo me presente el 30 para ver a mi hijo.... Por lo mismo que estaba fuera de donde nació mi hijo no pude asistir al momento en que nació él. Cuando fui a verlo su mamá me dijo que no quería saber nada de mí y que lo mejor sería que llevará los apellidos de ella, a lo cual yo me negué de nuevo y le dije que no podía hacer eso, ya que el bebe por derecho debe de tener sus apellidos y a lo cual yo le pedía mis obligaciones como padre ya que yo no me negué a responder, por el al contrario yo se los pedía a su mamá a lo cual ella días después sin avisarme registró al bebe con sus apellidos. Lo que quisiera saber es que si yo puedo pedir el reconocimiento de mí y que se me le otorgue a mi bebé que lleve mi apellido y a mi las obligaciones que por derecho me corresponden ya que su mamá hasta éste a el da de hoy ya tiene 4 días que me niega el saber del bebé, no me contesta ni mensajes ni llamadas.