Duplicación de acta y falta administrativa en SRE

Buenas noches,

Tengo una hija de 16 años que al nacer la registré, como en ese momento se le llama hija natural (sólo llevaba mis apellidos), ya que su padre biológico no estuvo presente.
Cuando cumplió 5 años mi pareja (esposo) presente y yo decidimos que la reconociera como propia. Solicitamos ese tramiteen en el mismo registro civil, donde la registre de recién nacida. Todo esto en la Ciudad de México.
Hicimos en el 2013 papeleo, para hacernos residentes y nos pidieron pasaporte de ella y nos lo dieron y todo bien.
Esta pendiente un viaje escolar a Canadá y le piden su pasaporte vigente, quisimos renovarlo y me dijeron que tenia el acta duplicada, porque la anterior no la hicieron bien que tenia que darla de baja (cosa que no sabíamos y no nos dijeron en su momento). Me pusieron una falta administrativa en relaciones exteriores y que tenían qué hacer una especie de juicio, donde en la misma acta por atrás diga que se reconoció como hija de mi esposo. Mientras la tendrían como boletinada o algo así y no podría sacar pasaporte. Cosa que no entiendo porque en el 2013 jamás, nos dijeron nada e incluso sacamos el pasaporte.

A lo que mi pregunta es: ¿éste trámite puedo hacerlo en algún registro civil de Tijuana? ¿Cómo procede ese trámite tanto si es aquí, y sino, como procede en Ciudad de México, cuanto tarda.